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高性能新药研发网格技术研究取得新突破
 
慧聪网   2005年3月21日11时26分      

    中国科学院(上海药物所):网格技术是计算机研究领域中新兴的高端技术,中国科学院上海药物所药物发现与设计中心沈建华研究员率领的课题组,日前在高性能药物研发网格技术研究方面取得突破性进展。

    网格是构筑在因特网上的一组新型技术,它将高速互联网、高性能计算机、大型数据库等融为一体,以不断发展的中间件(Middleware)为网格操作系统,从计算机硬件、数据、应用程序三个层面上实现高性能计算、大规模存储、网络、信息、应用软件和相关科学实验仪器等资源的合理组织、分配和共享,从根本上解决了困扰单独实验室、研究院所和企业的大规模科学计算能力、存储能力不足以及科学资源共享等问题,是一个崭新的技术革命。网格是未来信息技术的国家级基础设施,已经成为各国争夺信息技术制高点的关键,是近年高性能计算技术的重要研究方向。

  上海药物所建立的 “新药研发应用网格”技术平台,安装了含120万个化合物信息的数据库和各类药物靶标蛋白结构数据库,同时将自己开发的高通量虚拟筛选软件进行了异机(不同型号的计算机之间)并行化,安装在该技术平台上。新药研发应用网格采用网格格点内和格点间的双重负载平衡技术,最大限度的利用国家网格的空闲计算资源,为用户提供高吞吐量和安全的虚拟筛选服务。这一应用网格是开放式的,可以随时扩充和加入新的计算资源。目前,新药研发网格已经进入试运行阶段,自主研发的药物分子筛选方法和程序、药物筛选应用软件已经推出。上海药物所等单位已经开始应用该网格平台进行创新药物研究,已获得多个活性化合物。

  新药研发网格的扩建工作正在进行,上海超级计算中心、中科院网络中心、大连理工大学、华东理工大学、华中理工大学和英国部分大学的计算资源将加盟到该网格系统。韩国、中国和日本三国间的“亚洲计算机药物发现合作计划正在洽谈之中,这一计划将以“新药研发网格”为基础,整合韩、中、日三国的计算资源,并联合三国的制药公司,进行创新药物研究。新药研发网格的建立,为真正实现公共计算和数据资源的共享奠定了基础,对创新药物研究具有重要的意义。

 
 
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